Son funciones de la Secretaría de Salud, las siguientes:

1. Dirigir y coordinar el sector salud y el Sistema General de Seguridad Social en Salud en el Municipio.
2. Proyectar para aprobación del Alcalde las políticas, planes, programas y proyectos en salud y en seguridad social de acuerdo con los lineamientos existentes.
3. Garantizar que la población residente en el Municipio, reciba la prestación de los servicios de salud de manera oportuna, eficiente y con la mejor calidad posible.
4. Garantizar y mantener el aseguramiento universal de los habitantes del Municipio al Sistema General de Seguridad Social de Salud y la prestación de los servicios de salud en el primer nivel de atención o de acuerdo con su competencia.
5. Diseñar, formular, ejecutar y evaluar el Plan Territorial de Salud Pública, así como coordinar con los sectores y la comunidad, las acciones que en salud pública se realicen para mejorar las condiciones de calidad de vida y salud de la población.
6. Coordinar, ejecutar y evaluar las políticas de promoción de la salud y prevención de la enfermedad.
7. Proponer al Alcalde iniciativas que permitan articular programas y proyectos intersectoriales e interinstitucionales, con la comunidad, la familia o las personas en el Municipio y coordinar su ejecución.
8. Administrar y controlar de manera eficiente y eficaz el uso todos los recursos destinados a la salud de los habitantes del Municipio, con destinación específica para la salud.
9. Ejercer las atribuciones de inspección, vigilancia y control de la salud pública y del sector de conformidad con las competencias y disposiciones legales, para garantizar la calidad del sistema y el cumplimiento de las mismas.
10. Impulsar mecanismos para la adecuada participación social y el ejercicio pleno de los deberes y derechos de los ciudadanos en materia de salud y seguridad social en salud.
11. Estudiar y proponer las tarifas por servicios prestados por la Secretaría, a incluirse en el proyecto de acuerdo por medio del cual se señalan las tarifas, tasas, derechos, impuestos, multas y contribuciones municipales que se aplican en el Municipio para cada vigencia.
12. Implementar, mantener y mejorar el Sistema Integrado de Gestión.
13. Implementar y mantener las estadísticas e indicadores para facilitar el seguimiento, el control y toma de decisiones, así como la presentación de los informes respectivos.
14. Realizar seguimiento a la presentación de informes de labores, informes de gestión y de rendición de cuentas de la dependencia.
15. Realizar seguimiento a la administración del riesgo de la dependencia.
16. Direccionar la implementación, mantenimiento y mejora de los sistemas de información que se utilizan en la secretaría, en coordinación con la Dirección de TIyC (tecnología, innovación y ciencia), para la adecuada prestación del servicio.